由于超聲波破碎儀可處理的樣品范圍廣，相對容易控溫，處理效果好，使其廣泛應用于多項生物學樣品前處理。例如超聲-ChIP實驗、超聲-核酸（DNA或RNA片段提取）、超聲-蛋白（肽鏈片段提取）、超聲-革蘭氏菌（破壁）等
1、超聲-ChIP
可應用于ChIP-PCR和 ChIP-seq，目前超聲方式是ChIP實驗*理想的樣品前處理設備。（http://sennoa.com/xy-bio_Article_11493883.html）
2、超聲-核酸
可提取DNA片段或RNA片段，超聲方式提取的片段長度容易控制，回收率高。（內部鏈接）
3、超聲-蛋白
可提取肽鏈片段，超聲方式提取的片段長度容易控制，回收率高。（內部鏈接）
4、超聲-革蘭氏菌
可輕松完成革蘭氏菌破壁，保證回收率。（內部鏈接）
5、其他新興應用正在開發中。。。
超聲波破碎儀的優勢在于可實現研發、中試、生產的全部配套設備，且設備投入成本小，易操作、易清潔等特點，得到了廣泛使用，目前在生物制藥、生物制劑、抗體生產等多個方向上優勢明顯。
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